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 Comme le réservoir naturel des virus Ebola n'a pas encore été identifié, la façon dont le virus apparaît  chez l'être humain au début d'une flambée est inconnue. Cependant, les scientifiques pensent que le  premier patient contracte l'infection au contact d'un animal, comme une chauve-souris frugivore ou un  primate (grands singes et singes) ; ce phénomène s'appelle un cas de débordement. La transmission  interhumaine s'ensuit et peut entraîner la contamination d'un grand nombre de personnes. Lors de  précédentes flambées d'Ebola, les primates ont aussi été touchés par le virus et de nombreux cas de  contagion se sont produits lorsque des personnes ont touché ou mangé des primates infectés.

 Lorsque des êtres humains sont infectés, le virus peut être transmis à d'autres personnes par contact direct (par des lésions cutanées ou les muqueuses des yeux, du nez ou de la bouche par exemple) via

  • le sang ou les fluides corporels (notamment mais pas exclusivement l'urine, la salive, la sueur, les selles, les vomissures, le lait maternel et le sperme) d'une personne atteinte de maladie à virus Ebola
  • des objets (tels que des aiguilles ou des seringues) qui ont été contaminés par le virus
  • des chauves-souris frugivores ou des primates (grands singes et singes) infectés

La maladie à virus Ebola ne se transmet pas par l'air, l'eau, ni, en général, par la nourriture. En Afrique, elle peut toutefois se transmettre suite à la manipulation de viande de brousse (animaux sauvages chassés pour être mangés) et au contact de chauves-souris infectées. Il n'existe aucune preuve de transmission du virus Ebola par les moustiques ou d'autres insectes. Il a été démontré que seules certaines espèces de mammifères (comme les êtres humains, les chauves-souris, les singes et les grands singes) pouvaient être infectées par le virus Ebola et le transmettre.

Les professionnels de la santé ainsi que la famille et les amis en contact étroit avec des patients atteints d'Ebola connaissent un risque élevé de contracter la maladie car ils peuvent être en contact avec du sang ou des fluides corporels infectés.

Pendant les flambées d'Ebola, la maladie peut se transmettre rapidement au sein des établissements de santé (cliniques ou hôpitaux). L'exposition au virus Ebola peut survenir dans des établissements de santé si le personnel ne porte pas l'équipement de protection approprié.

Le personnel de santé doit utiliser un équipement médical spécifique (de préférence jetable si cela est possible) pour le soin des patients. Il est également important de nettoyer et d'éliminer correctement les instruments tels que les aiguilles et les seringues. Si les instruments ne sont pas jetables, ils doivent être stérilisés avant d'être réutilisés. Sans une stérilisation appropriée des instruments, la transmission du virus peut se poursuivre et amplifier la flambée.

Une fois que les patients guérissent de la maladie à virus Ebola, ils ne peuvent plus transmettre le virus aux personnes autour d'eux. Cependant, étant donné que le virus Ebola peut rester présent dans le sperme après la guérison, les hommes doivent éviter d'avoir des rapports sexuels (y compris sexe oral) pendant trois mois. Si l'abstinence n'est pas possible, des préservatifs peuvent aider à éviter de transmettre le virus Ebola. On n'a encore jamais signalé de transmission du virus par voie sexuelle.